ContactSeek использует AlphaFold3 для повышения точности редактирования ДНК
Материал подготовлен искусственным интеллектом на основе нескольких источников — ссылки на оригиналы приведены ниже.
Исследователи разработали ContactSeek — ИИ-фреймворк, использующий предсказанную AlphaFold3 контактную вероятность для повышения специфичности адениновых редакторов оснований. Лучший вариант, сочетающий две мутации Cas9 и TadA8e, превзошёл несколько известных высокоточных редакторов в таргетном секвенировании ампликонов и полногеномном профилировании. Метод также обобщён на цитозиновые редакторы на основе Cas12a.
Структура фреймворка
ContactSeek использует предсказанную AlphaFold3 (AF3) контактную вероятность для повышения специфичности редакторов генома, демонстрируя работу на адениновых редакторах Cas9–TadA. Исследователи картировали полногеномные нецелевые участки и подали нецелевые последовательности ДНК в AF3, обнаружив, что контактная вероятность более чувствительна, чем предсказанные 3D-структуры, для выявления дифференциальных взаимодействий. ContactSeek идентифицировал и ранжировал консенсусные контактные области — соседние остатки Cas с согласованными изменениями контактов с ДНК/направляющей РНК — и определил специфичность-определяющие остатки внутри них.
Результаты валидации
Таргетное секвенирование ампликонов, полногеномное профилирование, R-loop анализ и РНК-секвенирование подтвердили значительно повышенную специфичность. Лучший вариант, сочетающий две мутации Cas9 и TadA8e, превзошёл несколько известных высокоточных адениновых редакторов оснований. ContactSeek также обобщён на цитозиновые редакторы на основе Cas12a, демонстрируя модульную применимость.
Данные и доступность
Результаты предсказаний AF3 и таблицы сырых подсчётов таргетного секвенирования ампликонов депонированы в Zenodo (DOI: 10.5281/zenodo.17197986 и 10.5281/zenodo.17243125). Сырые данные профилирования dI депонированы в Genome Sequence Archive под кодами доступа HRA013626 и HRA013767 (BioProject PRJCA046878). Данные РНК-секвенирования для оценки нецелевых эффектов загружены из SRA под PRJNA938578 и PRJNA811343.
Что дальше
Фреймворк может быть расширен на другие типы редакторов и терапевтические применения. Остаётся неясным, как ContactSeek покажет себя в моделях in vivo или в клинических условиях.
3 источника
ContactSeek использует AlphaFold3 для повышения точности редактирования ДНК
