Зерттеу адам қаңқасы эволюциясының 561 410 генетикалық нұсқасын картаға түсірді
Материал бірнеше дереккөз негізінде жасанды интеллектпен дайындалды — түпнұсқаларға сілтемелер төменде.
Ғалымдар адамды басқа гоминидтерден ажырататын 561 410 бір нуклеотидті алмастыруды адам ұрығының хондроциттерінде сынады. Зерттеу адам эволюциясы барысында бекіген немесе бекіп қалған реттеуші нұсқалардың толық геномдық атласын жасауға мүмкіндік берді. Жұмыс қаңқа морфологиялық айырмашылықтарының негізгі факторлары саналатын цис-реттеуші элементтерге бағытталған.
Негізгі фактілер
- Зерттеуде адамды басқа гоминидтерден ажырататын және кандидаттық цис-реттеуші элементтерде орналасқан 561 410 бір нуклеотидті алмастыру сыналды.
- Нұсқалар олардың транскрипциялық әсерін сандық бағалау үшін адам ұрығының хондроциттеріне енгізілді.
- Талдау адам эволюциясында пайда болып, бекіген немесе бекіп қалған реттеуші нұсқалардың функционалдық әсерлерінің толық геномдық атласын жасауға мүмкіндік берді.
- Жоғары белсенділікке ие цис-реттеуші элементтер хондроциттердің белсенді хроматин белгілерімен және ашық хроматинмен (ATAC-seq) көбірек сәйкестік көрсетті.
Эксперимент дизайны
Зерттеушілер әрбір кандидаттық цис-реттеуші элементтің адамдық (туынды) және маймылдық (ата-бабалық) аллельдерін синтездеді. Әрбір тізбек транскрипцияланатын ДНҚ штрих-кодының алдына клондалды, ал әрбір штрих-кодтың РНҚ мөлшері бойынша осы тізбек басқаратын экспрессия өлшенді. Талдауға оң бақылаулар (n = 1 404), теріс бақылаулар (белсенді емес, n = 961; араластырылған, n = 1 051; SCREEN емес, n = 759) және кандидаттық CRE тестілетін тізбектері (белсенді, n = 87 704; белсенді емес, n = 557 093) енгізілді.
Реттеуші белсенділік ландшафты
Жоғары белсенділікке ие кандидаттық цис-реттеуші элементтер хондроциттердегі белсенді хроматин ерекшеліктерімен көбірек сәйкестік көрсетті. Белсенділік медианалық абсолюттік ауытқу (MAD) және миллионға шаққандағы нормаланған РНҚ мен ДНҚ мәндері (CPM) арқылы өлшенді. Визуализация үшін РНҚ мәндері 300 000-ға, ал белсенділік мәндері 30-ға дейін шектелді.
1 дереккөз
Уақыт · артта қалуы