3D-эпигеномдық карталар дамып келе жатқан ми қыртысындағы глиальды жасушалардың реттелуін ашады
Материал бірнеше дереккөз негізінде жасанды интеллектпен дайындалды — түпнұсқаларға сілтемелер төменде.
Ғалымдар адам миының дамып келе жатқан қыртысындағы глиальды жасушалардың төрт түрінің 3D-эпигеномдық картасын жасады, ген экспрессиясы, хроматин қолжетімділігі, ДНҚ метилденуі және жоғары ажыратымдылықтағы 3D хроматин өзара әрекеттесуі туралы деректерді біріктірді. Зерттеу кандидаттық цис-реттеуші элементтер мен олардың нысана гендерін анықтап, вентрикулярлық және сыртқы радиальды глияға тән локустарды бөліп көрсетті. Алынған деректер психикалық бұзылыстармен байланысты кодталмайтын нұсқаларды басымдықпен сұрыптауға мүмкіндік береді.
Негізгі фактілер
- Зерттеуде глиальды жасушалардың төрт түрі профильденді: вентрикулярлық радиальды глия, сыртқы радиальды глия, аралық прогениторлық жасушалар және қоздырушы нейрондар.
- Single-cell Hi-C әдісімен анықталған дистальды өзара әрекеттесулер басқа әдістердің деректеріне қарағанда функционалды расталған энхансерлермен аз байытылған, бұл олардың промотор-энхансерлік емес, құрылымдық сипатын көрсетеді.
- Толық геномдық ассоциация зерттеулері психикалық бұзылыстармен байланысты мыңдаған кодталмайтын нұсқаларды анықтады, олардың көпшілігі цис-реттеуші элементтерде орналасқан.
- Зерттеу сыртқы радиальды глияға тән кандидаттық цис-реттеуші элементтерде адамның жеделдетілген эволюция аймақтарының байытылуын анықтады.
Глиальды жасушаларды профильдеу
Зерттеушілер ген экспрессиясы, хроматин қолжетімділігі, ДНҚ метилденуі және жоғары ажыратымдылықтағы 3D хроматин өзара әрекеттесуі туралы деректерді пайдалана отырып, глиальды жасушалардың төрт негізгі популяциясына кешенді талдау жүргізді. Жұмыста вентрикулярлық радиальды глияда, сыртқы радиальды глияда, аралық прогениторлық жасушаларда және қоздырушы нейрондарда кандидаттық цис-реттеуші элементтер мен олардың реттеуші нысаналары анықталды. Бұрын сипатталған жасуша популяцияларына радиальды глия, аралық прогениторлық жасушалар, қоздырушы нейрондар және интернейрондар кірді, алайда радиальды глияның кіші түрлері мен негізгі глиальды популяциялар жетіспеді. Жаңа деректер вентрикулярлық және сыртқы радиальды глияға тән эпигеномдық сигналдары бар локустарды анықтайды.
Реттеуші элементтерді іздеу
Зерттеуде радиальды глияның кіші түрлерінде жасуша линияларының спецификациясына ықпал етуі мүмкін транскрипция факторлары бөліп көрсетілді. Single-cell Hi-C әдісімен анықталған дистальды өзара әрекеттесетін аймақтар, әдетте, басқа әдістермен салыстырғанда функционалды расталған энхансерлермен аз байытылған. Бұл мұндай ілмектер промотор-энхансер ілмектері емес, құрылымдық өзара әрекеттесулер болып табылады деп болжауға мүмкіндік береді. Зерттеушілер сыртқы радиальды глияға тән кандидаттық цис-реттеуші элементтерде адамның жеделдетілген эволюция аймақтарының байытылуын анықтады.
Ауру нұсқаларын басымдықпен сұрыптау
Толық геномдық ассоциация зерттеулері психикалық бұзылыстармен байланысты, кодталмайтын аймақтарда, соның ішінде цис-реттеуші элементтерде орналасқан мыңдаған нұсқаларды анықтады. Себепті нұсқаларды анықтау әртүрлі жасуша типтеріндегі цис-реттеуші элементтердің гетерогенділігіне байланысты күрделі міндет болып қала береді. Реттеуші әсерлер үлкен геномдық қашықтықтарға таралуы мүмкін және міндетті түрде ең жақын генге әсер етпейді. Жасушаға тән эпигеномдық аннотация ген экспрессиясын анықтап, аурулармен байланысты нұсқаларды басымдықпен сұрыптай алады.
1 дереккөз
Уақыт · артта қалуы