Ғалымдар Nature журналында жоқ ЯМР сигналдары арқылы ақуыз динамикасын болжайтын Dyna-1 моделін ұсынды
Материал бірнеше дереккөз негізінде жасанды интеллектпен дайындалды — түпнұсқаларға сілтемелер төменде.
Халықаралық ғалымдар тобы Nature журналында ЯМР спектрлеріндегі жоқ сигналдар негізінде микро-миллисекундтық уақыт аралығында ақуыз динамикасын болжайтын Dyna-1 моделін ұсынды. 100-ден астам деректер жиынтығында оқытылған модель ESM-3 тілдік моделін пайдаланып, каталитикалық белсенділік пен лиганд байланысуына қатысты алмасу кеңеюлерін дәл болжайды. Dyna-1 болжамдары ақуыздың функционалды учаскелерінің эволюциялық консервативтілігі туралы деректермен сәйкес келеді.
Деректер көзі ретінде жоқ сигналдар
Биологиялық магниттік резонанс деректер банкінде (BMRB) ақуыздардың 10 000-ға жуық химиялық ығысу жиынтығы бар, олардың көбінде ЯМР сигналдарының кеңеюі салдарынан аминқышқылы қалдықтары жетіспейді. Авторлар бұл жоқ сигналдар микро-миллисекундтық динамикамен байланысты алмасу кеңеюінен туындайды деп болжады. Олар 100-ден астам ЯМР релаксация деректер жиынтығын талдап, резонанс тағайындаудағы кемшіліктер конформациялық қозғалыстардың сенімді индикаторы екенін растады. Мұндай тәсіл эксперименттік деректердің жетіспеушілігін пайдалы болжамды белгіге айналдырды.
Dyna-1 моделі
Dyna-1 — ESM-3 мультимодальды тілдік моделінің аралық қабатын пайдаланатын терең оқыту моделі. Жоқ қалдықтарды болжауға үйретілген ол, сонымен қатар релаксациялық эксперименттерде өлшенетін алмасу үлестерін дәл болжайды. Модель әсіресе ферменттердің белсенді орталықтары мен лиганд байланыстыру орындары сияқты функционалды маңызды учаскелердің динамикасын жақсы болжайды. Сонымен қатар, зерттеушілер микро-миллисекундтарда алмасуға ұшырайтын қалдықтардың эволюциялық тұрғыдан анағұрлым консервативті екенін анықтады, бұл динамиканың биологиялық функциямен байланысын көрсетеді.
Биология үшін перспективалар
Авторлардың пікірінше, Dyna-1 және ілеспе деректер жиынтықтары ақуыз динамикасы мен олардың функциялары арасындағы байланысты зерттеуде жаңа дәуірді ашады. Модель қосымша эксперименттер жүргізбей-ақ, бар химиялық ығысу деректерінен қозғалыс туралы ақпаратты алуға мүмкіндік береді. Бұл эволюцияның катализ, сигналинг және байланысу үшін ақуыздардың икемділігін қалай реттейтінінің жалпы принциптерін анықтауға әкелуі мүмкін. Жұмыс парадигманың ауысуын көрсетеді: жетіспейтін деректерді елемеуден оларды белсенді пайдалануға көшу. Ғалымдар модель мен деректер жиынтықтарын жалпыға қолжетімді етуді жоспарлап отыр.
Бұдан әрі
Ғалымдар модель мен деректер жиынтықтарын жақын арада жалпыға қолжетімді етеді. Дегенмен, Dyna-1 мембраналық ақуыздар мен ішкі ретсіз аймақтардың динамикасын дәл болжай ала ма, әзірге белгісіз.
1 дереккөз
Ғалымдар Nature журналында жоқ ЯМР сигналдары арқылы ақуыз динамикасын болжайтын Dyna-1 моделін ұсынды
