Кеңейтілген кодбук 177 адам транскрипция факторының ДНҚ-байланыстыру мотивтерін анықтады
Материал бірнеше дереккөз негізінде жасанды интеллектпен дайындалды — түпнұсқаларға сілтемелер төменде.
Зерттеушілер 177 адам транскрипция факторы үшін ДНҚ-байланыстыру спецификасын анықтап, белгілі мотивтер сөздігін шамамен 130 жаңа тізбекке кеңейтті. 4000-нан астам in vitro және in vivo эксперименттерден алынған мотивтер жасушалық байланыстыру сайттарында қатты байытылған және промотор аймақтарында ген экспрессиясын болжады. Кеңейтілген кодбук адам геномында бұрын белгісіз он мыңдаған консервативті байланыстыру сайттарын анықтады, бұл реттеуші ДНҚ-ны шешудегі маңызды қадам болды.
Codebook жобасы
2018 жылғы зерттеу адамның шамамен 1600 белгілі транскрипция факторының төрттен бірінен астамында ДНҚ-байланыстыру мотивтері анықталмағанын көрсетті. Бұл сипатталмаған факторлардың көпшілігі жақсы зерттелген ақуыздардың жақын туыстары емес, бұл олардың тізбектік қалауын болжауға мүмкіндік бермейді. Codebook жобасы бірнеше өзара толықтыратын әдістерді пайдаланып, 332 болжамды және аз зерттелген фактордың спецификасын жүйелі түрде анықтауға бағытталды. Жұмыс ақуыз микрочиптері және хроматин иммунопреципитациясы сияқты 4000-нан астам тәуелсіз in vitro және in vivo эксперименттерді қамтыды. Алынған деректер реттеуші ДНҚ-ны жасуша қалай түсіндіретінін түсінудегі үлкен олқылықты толтырады.
Мотивтерді анықтау нәтижелері
Жоба сыналған 332 транскрипция факторының 177-сі үшін байланыстыру мотивтерін сәтті анықтады, бұл 53% құрайды. Бұл мотивтердің көпшілігі тек бір ақуызбен байланысты, бұл тану сөздігін шамамен 130 бірегей тізбекке кеңейтеді. Мотивтер әр позициядағы нуклеотидтік қалауларды сандық сипаттайтын позициялық салмақ матрицалары түрінде алынды. Маңыздысы, in vitro анықталған мотивтер жасушалық байланыстыру сайттарында қатты байытылған, бұл олардың физиологиялық өзектілігі туралы бұрыннан келе жатқан дауларды тікелей шешеді. Бұл нәтижелер геномды ықтимал реттеуші элементтерге сканерлеу үшін жоғары сенімді тізбектер жиынтығын ұсынады.
Геномның реттеуші ландшафты
Кеңейтілген мотив каталогының көмегімен зерттеушілер адам геномында бұрын белгісіз он мыңдаған консервативті байланыстыру сайттарын тапты. Бұл сайттар гендердің промотор аймақтарында шоғырланған және олардың болуы экспрессия деңгейлерін болжайды. Жаңа кодбук адам геномының консервативті тізбегінің көп бөлігін құрайтын кодталмаған ДНҚ-ны түсіндіру үшін қуатты құрал ұсынады. Деректер гендердің реттелуін зерттеуге, генетикалық нұсқаларды интерпретациялауға және аурулармен байланысты реттеуші мутациялардың функционалды маңызын шешуге көмектеседі. Зерттеу тобы кодбукты геномдық зерттеулер мен нұсқаларды клиникалық интерпретациялау үшін жалпыға қолжетімді етті.
Бұдан әрі
Кодбуктың жариялануы геномдық зерттеулерді жеделдетуі мүмкін. Дегенмен, жүздеген адам транскрипция факторлары әлі эксперименталды анықталған мотивтерге ие емес және барлық болжамды факторлардың тізбекке тән ДНҚ-байланыстыру белсенділігі бар-жоғы белгісіз.
1 дереккөз
Кеңейтілген кодбук 177 адам транскрипция факторының ДНҚ-байланыстыру мотивтерін анықтады
