ENCODE4 каталогы 92 миллион энхансер-ген байланысын сипаттайды
Материал бірнеше дереккөз негізінде жасанды интеллектпен дайындалды — түпнұсқаларға сілтемелер төменде.
ENCODE4 консорциумы 15 шілдеде Nature журналында энхансерлер мен гендер арасындағы 92 миллионнан астам реттеуші өзара әрекеттесуді қамтитын энциклопедия жариялады. Ресурс мыңдаған жасуша түрлері мен жағдайлардың деректерін біріктіріп, ДНҚ-ның алыс элементтерінің ген экспрессиясын қалай бақылайтынын көрсетеді. Каталог ген реттелуі мен адам генетикасын зерттеуді жеделдетеді деп күтілуде.
ENCODE4 ресурсы
ENCODE4 жобасы, ДНҚ элементтері энциклопедиясының жалғасы, энхансерлер мен гендер арасындағы реттеуші өзара әрекеттесудің кешенді картасын жасады. Каталог Nature журналында хабарланғандай, 1 366 жасуша түрі мен 1 024 биологиялық үлгіде 92 089 616 өзара әрекеттесуді қамтиды. Әрбір өзара әрекеттесу хроматин конформациясы, eQTL және CRISPR пертурбациясы деректерін қоса алғанда, дәлелдердің бірнеше желісімен расталған.
Деректер интеграциясы және қолжетімділік
Энциклопедия ENCODE4 консорциумының Hi-C, ChIP-seq және бір ядролық РНҚ секвенирлеу сияқты талдау деректерін біріктіреді. Зерттеушілер ENCODE порталы арқылы өзара әрекеттесулерге қол жеткізе алады, ол іздеу дерекқоры мен визуализация құралдарын ұсынады. Ресурс адам мен тышқанның бастапқы жасушаларын, тіндерін және жасуша желілерін қоса алғанда, 1 024 биологиялық үлгіні қамтиды.
Генетика үшін маңызы
Карта 92 миллионнан астам энхансер-ген жұбын байланыстырады, олардың көпшілігі GWAS зерттеулерінен аурулармен байланысты варианттармен ассоциацияланған. Мысалы, каталог белгілі GWAS локусының 87% үшін реттеуші өзара әрекеттесуді анықтайды, кодтамайтын варианттар үшін механистік негізді қамтамасыз етеді. Бұл ресурс қатерлі ісік, даму бұзылыстары және басқа аурулармен байланысты генетикалық варианттарды интерпретациялауға көмектеседі деп күтілуде.
Бұдан әрі
ENCODE4 консорциумы энциклопедияны жыл сайын жаңа деректермен және жасуша түрлерімен жаңартуды жоспарлап отыр. Ресурстың FANTOM және Roadmap Epigenomics сияқты басқа реттеуші дерекқорлармен біріктіріліп, ген реттелуінің бірыңғай көрінісін жасай алатыны белгісіз.
1 дереккөз
ENCODE4 каталогы 92 миллион энхансер-ген байланысын сипаттайды
