Одноядерный TWAS выявляет клеточные механизмы риска болезней мозга
Материал подготовлен искусственным интеллектом на основе нескольких источников — ссылки на оригиналы приведены ниже.
Исследователи создали модели импутации транскриптома на основе данных более 6 миллионов ядер от 1494 доноров консорциума PsychAD. Модели применили к 12 полногеномным исследованиям нейропсихиатрических и нейродегенеративных заболеваний для выявления клеточно-специфичных ассоциаций генов и признаков. Результаты подтверждены в феномном исследовании с участием около 600 000 человек из программы Million Veteran Program.
Ключевые факты
- Атлас консорциума PsychAD включает более 6 миллионов ядер от 1494 доноров с крупными нейропсихиатрическими диагнозами и без них.
- Исследователи обучили 94 модели импутации транскриптома на уровне отдельных ядер для трех генетических ancestries и 32 клеточных популяций дорсолатеральной префронтальной коры.
- Модели применили к 12 полногеномным исследованиям нейропсихиатрических и нейродегенеративных заболеваний.
- Валидация проведена в феномном исследовании с участием около 600 000 человек из программы Million Veteran Program.
Модели импутации на уровне ядер
Консорциум PsychAD создал популяционный атлас одноядерного RNA-seq дорсолатеральной префронтальной коры. Атлас включает более 6 миллионов ядер от 1494 доноров европейского, африканского и смешанного американского происхождения. На основе генотипов и данных snRNA-seq после контроля качества исследователи обучили 94 модели импутации транскриптома для трех ancestries и 32 клеточных популяций. Для последующего TWAS использовались только модели с устойчивой кросс-валидационной эффективностью внутри каждой ancestry.
Применение к заболеваниям мозга
Одноядерные модели применили к 12 полногеномным исследованиям нейропсихиатрических и нейродегенеративных заболеваний. Одноядерный TWAS выявил клеточно-специфичные ассоциации генов и признаков, включая ранее не описанные локусы, связанные с заболеваниями. Результаты подтверждены в феномном исследовании с участием около 600 000 человек из программы Million Veteran Program. Модели, подобранные по ancestry, использовались для сравнения эффектов между популяциями и характеристики плейотропии клеточно-специфичной генетически регулируемой экспрессии.
1 источник
Время · отставание