Google выпустила AlphaGenome Atlas для оценки всех 9 млрд однонуклеотидных вариантов ДНК
Материал подготовлен искусственным интеллектом на основе нескольких источников — ссылки на оригиналы приведены ниже.
Во вторник Google анонсировала AlphaGenome Atlas — ресурс, предсказывающий последствия каждого возможного однонуклеотидного варианта в геноме человека. Система оценивает 9 миллиардов оснований ДНК с помощью программного обеспечения AlphaGenome, уделяя особое внимание некодирующей ДНК, составляющей более 97% генома. Релиз состоялся на фоне продолжающихся трудностей биологов с идентификацией функциональных элементов в некодирующих областях.
Ключевые факты
- AlphaGenome Atlas оценивает 9 миллиардов оснований ДНК — три альтернативных основания в каждой из 3 миллиардов позиций референсного генома человека.
- Система сосредоточена на некодирующей ДНК, которая составляет более 97% генома человека.
- Google анонсировала AlphaGenome Atlas во вторник, сообщает Ars Technica.
- AlphaGenome предназначена для выявления потенциальных функций некодирующей ДНК, включая регуляторные последовательности, контролирующие активность генов.
Релиз AlphaGenome Atlas
Во вторник Google анонсировала AlphaGenome Atlas — ресурс, который пытается предсказать последствия каждого возможного однонуклеотидного варианта в геноме человека. Геном человека имеет длину около 3 миллиардов оснований, поэтому проверка трёх других оснований ДНК, отсутствующих в референсном геноме, означает обработку в общей сложности 9 миллиардов оснований с помощью программного обеспечения AlphaGenome. AlphaGenome предназначена для выявления потенциальных функций некодирующей ДНК, которая не кодирует белки, но составляет подавляющую часть генома человека. Часть некодирующей ДНК необходима для контроля активности белок-кодирующей части — она указывает клетке, где и когда производить матричные РНК и как процессировать их в зрелые формы.
Проблема некодирующей ДНК
Доля генома человека, кодирующая белки, составляет менее 3%, тогда как большая часть генома некодирующая и содержит центромеры, защитные колпачки на концах хромосом, регуляторную ДНК и сигналы процессинга матричных РНК. Большая часть некодирующей ДНК является мусором — остатками древних вирусных инфекций, паразитов на уровне ДНК и генов, инактивированных мутациями. Белки, взаимодействующие с ДНК, не очень избирательны в отношении последовательностей, потенциально связываясь случайным образом по всему геному и перенося определённую степень мутаций. Многие ДНК-связывающие белки специфичны для типа клеток: разные наборы присутствуют в клетках печени, нервных клетках и иммунных клетках. Google разработала систему ИИ AlphaGenome, поскольку оценка функции некодирующей ДНК связана с неточными вероятностями, сильно зависящими от контекста, — задачей, для решения которой ИИ хорошо подходит.
1 источник
Время · отставание