ContactSeek AlphaFold3 көмегімен ДНК редакциялау дәлдігін арттырады
Материал бірнеше дереккөз негізінде жасанды интеллектпен дайындалды — түпнұсқаларға сілтемелер төменде.
Зерттеушілер ContactSeek атты AI-фреймворкты әзірледі, ол AlphaFold3 болжаған контакт ықтималдығын пайдаланып аденин негізді редакторлардың ерекшелігін арттырады. Cas9 мен TadA8e мутацияларын біріктіретін ең жақсы нұсқа бірнеше белгілі жоғары дәлдікті редакторлардан ампликонды мақсатты секвенирлеу және толық геномды профильдеу бойынша асып түсті. Әдіс Cas12a негізіндегі цитозин редакторларына да жалпыланған.
Фреймворк құрылымы
ContactSeek AlphaFold3 (AF3) болжаған контакт ықтималдығын пайдаланып геном редакторларының ерекшелігін арттырады, Cas9–TadA аденин редакторларында жұмыс істейтінін көрсетеді. Зерттеушілер толық геномды мақсатты емес учаскелерді картаға түсіріп, мақсатты емес ДНҚ тізбектерін AF3-ке енгізді, контакт ықтималдығы 3D құрылымдарға қарағанда дифференциалды өзара әрекеттесулерді анықтауда сезімтал екенін анықтады. ContactSeek консенсус контакт аймақтарын — ДНҚ/бағыттаушы РНҚ-мен байланыстарында келісілген өзгерістері бар Cas қалдықтарын — анықтап, олардың ішіндегі ерекшелікті анықтайтын қалдықтарды анықтады.
Валидация нәтижелері
Ампликонды мақсатты секвенирлеу, толық геномды профильдеу, R-ілмек талдауы және РНҚ-секвенирлеу ерекшеліктің айтарлықтай жоғарылағанын растады. Cas9 мен TadA8e мутацияларын біріктіретін ең жақсы нұсқа бірнеше белгілі жоғары дәлдікті аденин негізді редакторлардан асып түсті. ContactSeek Cas12a негізіндегі цитозин редакторларына да жалпыланып, модульдік қолданылу мүмкіндігін көрсетті.
Деректер мен қолжетімділік
AF3 болжамдары мен ампликонды мақсатты секвенирлеудің шикі санақ кестелері Zenodo-да (DOI: 10.5281/zenodo.17197986 және 10.5281/zenodo.17243125) сақталған. dI профильдеудің шикі деректері Genome Sequence Archive-да HRA013626 және HRA013767 кодтарымен (BioProject PRJCA046878) сақталған. Мақсатты емес әсерлерді бағалауға арналған РНҚ-секвенирлеу деректері SRA-дан PRJNA938578 және PRJNA811343 бойынша жүктелген.
Бұдан әрі
Фреймворк редакторлардың басқа түрлеріне және терапиялық қолдануға кеңейтілуі мүмкін. ContactSeek-тің in vivo модельдерде немесе клиникалық жағдайларда қалай жұмыс істейтіні әлі белгісіз.
3 дереккөз
ContactSeek AlphaFold3 көмегімен ДНК редакциялау дәлдігін арттырады
